Yo uso el "Total Video Converter" (lo tengo en mi casa, si querés te lo subo a rapidshare hoy a la noche), va como piña, convierte de TODOS los formatos, a TODOS los formatos, y anda joya. No probé convertir a 3gp sinceramente, pero si funciona bien con todos los formatos no veo porque vaya a tener problemas.
Cualquier cosa mandame pm, saludos.